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隨著微生物事件的頻頻暴發(fā)，致病菌檢驗市場呈現(xiàn)出蓬勃之勢，對第三方檢測機構(gòu)來說，也是重大機遇。但是第三方檢測市場仍然面臨了許多困境，首先，對于嬰兒配方食品中的微生物檢測來說通常是按著GB10765-2010 嬰兒配方食品的標準進行測定，采樣的復(fù)雜性與檢測結(jié)果的主觀性都是面臨的困境之一。菌落總數(shù)、大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、坂崎腸桿菌、沙門氏菌都是常見的檢測指標，但因為運輸、保存等諸多原因，食品在貨架期微生物會發(fā)生諸多變化。其次，微生物不得復(fù)檢的理論基礎(chǔ)也是第三方檢測市場面臨的困境之一。因為微生物分布具有不均勻性、低產(chǎn)出率等特點，所以無法實現(xiàn)復(fù)檢，并且對初始陽性結(jié)果的復(fù)檢只會增加不合格批次產(chǎn)品的合格概率。每個被檢批次食品的分析單位數(shù)量和規(guī)格應(yīng)當在采樣方案中進行規(guī)定，不得變更。除了微生物以外，農(nóng)藥殘留、獸藥殘留、重金屬、非法添加物、食品添加劑、其他有毒有害物質(zhì)、生物毒素、營養(yǎng)成分、相應(yīng)的質(zhì)量指標均是可申請復(fù)檢的食品項目。此外，微生物限量標準適用的復(fù)雜性也是面臨的困境之一。例如，2013年7月，央視記者分別從麥當勞、肯德基以及真功夫店買來可食用冰塊，同時抽取馬桶水箱水樣品后，送往北京理化中心進行對比檢測。3家快餐店冰塊的大腸桿菌、金黃色葡萄球菌以及沙門氏菌均符合國標，但菌落總數(shù)超標。面對餐飲業(yè)冰塊的菌落總數(shù)的檢測具有很大的復(fù)雜性，餐飲業(yè)中又存在多元化的局面，連鎖快餐店、飲品甜品店、咖啡店均沒有詳細的標準。歐盟、澳大利亞和新西蘭、美國、英國等國家未制定食用冰的微生物限量標準，即符合生活飲用水的衛(wèi)生標準即可，因為冰塊本身并不具備微生物生長繁殖的營養(yǎng)條件，同時冰塊自身溫度較低，也不適合微生物的生長繁殖。噴霧干燥機餐飲業(yè)良好生產(chǎn)操作規(guī)范可以避免食用冰在生產(chǎn)、儲存及銷售過程中受到微生物污染。因為餐飲的復(fù)雜性，除了冰塊的菌落總數(shù)檢測具有復(fù)雜性以外，大腸桿菌類的微生物檢測也頗具爭議。例如，2012年8月29日，長沙市衛(wèi)生局抽檢漢堡，發(fā)現(xiàn)大腸桿菌含量為230MPN/100g，超糕點小于等于30MPN/100g的標準。之后，肯德基提出異議，不能以面包糕點的標準來衡量，后來，長沙市衛(wèi)生局臨時撤消了不合格名單。
